کتاب DNA باز می‌شود
ارسال شده توسط scorpiusis 5 سال پیش

⚠️ گزارش تخلف

در جانداران، سه‌چهارم ِ هر DNA‌، به دور پروتئین‌ها پیچیده شده‌ و مانند نخی به دور قرقره کلاف ِ DNA یا همان نوکئوزوم‌ها۱ را درست می‌کند. مساله این است که بعد از آن پروتئین‌ها چه‌گونه DNA را می‌خوانند. آرمان فتحی‌زاده، از دانش‌گاه صنعتی شریف، و هم‌کارانش مدلی ساخته‌اند که نشان می‌دهد پروتئین‌ها چه‌گونه در طول DNA جابه‌جا می‌شوند؛ کار آن‌ها در EPJ E آمده‌است.در واقع تاکنون سازوکار فیزیکی «باز کردن کتاب و خواندن محتویات ژنتیکی DNA» را به خوبی نمی‌دانستیم. با توجه به پیچیده‌گی‌ و اندازه‌ی مولکول بررسی دینامیک نوکلئوزوم، با شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی در یک بازه‌ی زمانی مناسب را باید فراموش کرد. نویسنده‌گان به جای این کار یک مدل رایانه‌ای ساده برای نوکلئوزوم نوشتند که در آن DNA با یک سری واحد سخت که نمایش‌گر جفت‌های بازی‌اند، توصیف می‌شود. با معرفی نقاط پیوندی انعطاف‌پذیر میان DNA و هسته‌ی پروتئینی، یک نمایش بسیار فیزیکی از دست‌گاه خواهیم داشت. و به این گونه می‌توان سازوکار غلتش نوکلئوزوم در طول DNA را هم دید.

ایده‌ی کار این است که اثر یک نقص پیچشی (پیچشی اضافه یا کم‌)‌، به آن بخش DNA که به گرد ِ نوکلئوزوم پیچیده شده، برسد. این نقص، درون DNA پیچیده‌شده پخش شده و جلو می‌رود و دست آخر که به سر دیگر می‌رسد، و از آن خارج میشود، نوکلئوزوم به اندازه طولی که پیچش اضافه یا کم شده‌ در آن درگیر است را می‌غلتد۳. این مدل با ایده‌ی کد ژنتیکی دوم۴ که پیش‌تر در ۲۰۰۶ پیش‌نهاد داده شده‌بود، نیز سازگاری دارد. این کد می‌تواند یک کد مکانیکی را که در توالی جفت بازها نوشته شده‌است، در خود داشته‌باشد و با کد ژنتیکی معمولی ترکیب شود.